Тут надо уже смотреть конкретный случай, может быть разное.

Человек в принципе сначала осваивает моральные нормы, а потом способы их обоснования. И «бог накажет» может быть обоснованием для нерелигиозных норм у нерелигиозных людей. Например, когда человек говорит, что нельзя плохо отзываться о "героях" чужой религии, потому что бог накажет и т. п.