да ничего не мешало. просто решили погуманнее обойтись. и польза какая-никакая от церкви была: попы стучали в КГБ о недовольных, которые приходили к ним искать альтернативы, отдел внешних сношений РПЦ кой-чего разнюхивал за бугром, опять же, меньше протестов иностранцев, мол, у вас права человека нарушают.
да и просто экономия усилий: чего геморрой разводить, загонять мракобесов в подполье, недовольство вызывать? пущай старушки развлекаются, делов-то.

так же и сейчас никто не ликвидирует, напр., партию Жириновского. убрать можно за 5 минут. но зачем лишать народ удовольствия и видимости демократии?