Давайте так.
В СССР было много открытых церквей и мечетей, и даже синагог. Были священнослужители, открыто работали религиозные учебные заведения, и никого оттуда по факту не сажали. Ибо за религию как таковую никого не сажали. И вокруг меня было много тех, кто регулярно ходил в мечеть, молился и, страшно подумать, хоронил своих близких по религиозному чину, и НИКОГО НЕ ПОСАДИЛИ! Странно, да?
Но если человек ведет фактически именно антигосударственную работу под прикрытием якобы религии, то место ему в тюрьме, даже если это саентолог или иеговист.
И да, даже если терроризм прикрыт исламом, то терроризмом он быть не перестает даже в странах, где ислам есть госрелигия. И пусть сидят.