Что-то Вы явно пропустили. Еще раз повторяю, а Вы осмыслите , пожалуйста, - богословие это однозначно "инструмент борьбы с атеизмом" , равно как и с другими религиями, которые есть суть ересь. Это первое.
Второе - богословие появилось, не для борьбы с атеизмом, а как наука и средство познания окружающего мира.
Третье - фраза "когда появился атеизмом" не несет в себе ничего, почти никакого смысла, ровно один бит информации.
а про то ,что "Главным же инструментом Церкви для убеждения инакомыслящих всегда была сила светских правителей." - это Вы древним римлянам расскажите. Или современным французам.